تكمن الصعوبة في عدم قدرة الطلاب على فهم واستيعاب العمليات والمفاهيم المتعلقة بطرق التكاثر اللاجنسي في النباتات نتيجة لضعف بنيتهم المعرفية. وكذلك عدم القدرة على التمييز بين طرق التكاثر اللاجنسي ( التعقيل والترقيد والتطعيم).